این خواننده که بیش از یک سال با سرطان معده دست و پنجه نرم می‌کرد، دقایقی پیش در بخش مراقبت‌های ویژه بیمارستان تهران پس از قطع کامل علائم حیاتی دار فانی را وداع گفت. دکتر «حسن توکلی» پزشک معالج این خواننده در این باره به «موسیقی ما» گفت: «مرتضی مبارزه سختی را با بیماری‌اش داشت و در حالی که از زمان تشخیص بیماری ما فقط سه ماه پیش بینی ادامه حیات را برای وی کرده بودیم، مرتضی چیزی حدود ۱۱ ماه جنگید و تا لحظه آخر هم کوتاه نیامد.»وی افزود: «تیم پزشکی این هنرمند ‌‌نهایت تلاش خود را در مراحل مختلف درمانی این هنرمند انجام داد و در مقاطع مختلف با پرتو درمانی و شیمی درمانی سعی در مهار سرطان داشت ولی متاسفانه اوضاع جوری مساعد نشد و سرطان به تمام بدن پاشایی سرایت کرده بود.»توکلی همچنین از انگیزه بالای پاشایی در مقابله با سرطان سخن گفت و توضیح داد: «مرتضی حتی در اتاق ICU هم از مبارزه دست بر نداشت و فقط درباره آینده کاری‌اش حرف می‌زد و می‌گفت بالاخره شکست‌اش می‌دهم و باز هم روی سن بر می‌گردم. به همه جامعه هنری کشور و دوستداران این خواننده تسلیت عرض می‌کنم.»در این بین پدر مرتضی پاشایی نیز در گفتگو با «موسیقی ما» گفت: «۱۵ آبان ماه سال گذشته بود که متوجه شدیم و سریعاً اقدام کردیم و ۲۱آبان ماه هم در بیمارستان «نیکان» مرتضی تحت عمل جراحی قرار گرفت. متاسفانه کمی دیر متوجه شدیم ولی لحظه‌ای درنگ نکردیم و خود مرتضی هم با ‌‌نهایت قدرت سعی کرد بتواند بیماری‌اش را شکست دهد.»وی در حالی که اوضاع نامساعدی داشت ادامه داد: «هر وقت قطعه «عصر پاییزی» مرتضی را می‌شنوم، یاد خاطراتی می‌افتم که نمی‌شود گفت خاطرات خوب یا بد. این قطعه را که می‌شنوم، به فکر فرو می‌روم.»وی درباره سفری که به خواسته مرتضی پاشایی در محرم امسال برای پدر و مادرش به کربلا صورت گرفت نیز گفت: «هفته پیش در کربلا، من دست بر قضا یک دقیقه مانده به اذان مغرب رفتم سرداب حضرت ابوالفضل العباس، در باز شد و آنجا دیدم یک آقای روحانی منتظر کسی است که اذان را بگوید. بلندگو را برای من آوردند، تکبیر و اذان را گفتم و در پایان گفتم پنج مرتبه آیه «امن یجیب» را بخوانید و برای «مرتضی پاشایی» که دوستش دارید دعا کنید و در سرداب حضرت ابوالفضل العباس همه دعا برای سلامتی مرتضی کردند وقتی شروع به خواند نماز فرادا‌یم کردم یکسری از ایرانی‌ها دورم جمع شدند و پرسیدند که مرتضی را از کجا می‌شناسم. من هم گفتم که پدرش هستم، برایش دعا کنید که به حق حضرت ابوالفضل انشاالله شفای عاجل بگیرد.»در این بین مادر پاشایی نیز ضمن گلایه از برخی چهره‌ها از انتشار عکسی که در روزهای گذشته روی صفحه شخصی یکی از خواننده‌ها منتشر شد گفت: «برای برخی از این دوستان واقعا متاسفم که فقط برای خودنمایی آن عکس را منتشر کردند. هرگز نمی‌توانم ببخشم کسی را که در این شرایط عکس پسرم را در آن حالت بد و روی تخت آی سی یو منتشر کرده است.»

در روزهایی که این هنرمند در بستر بیماری بود چهره‌های زیادی در تکاپو بودند که بتوانند شرایط را در بهترین حالت ممکن برای این هنرمند و خانواده‌اش مهیا سازند و قطعاً باید از زحمات آن‌ها به شکلی ویژه تقدیر نمود. افرادی چون مهدی کُرد، پیمان عیسی‌زاده، انوشیروان تربتی، عباس کُرد، محمد علیزاده، روزبه نعمت اللهی، شهرام شکوهی، یاحا کاشانی، میلاد ترابی، محمد حسین توتونچیان، محمود گل محمدی، امید جهان، پرسنل بیمارستان بهمن، دکتر حسن توکلی و… .

نکته ی مهمی که خانواده و نزدیکان پاشایی به آن تأکید داشتند این بود که هواداران این هنرمند فقید و سایر مخاطبین، از حضور جلوی درب بیمارستان بهمن اکیداً خودداری کنند.

مراسم تشییع پیکر این موزیسین محبوب، صبح روز یکشنبه ۲۵ آبان ۱۳۹۳ از مقابل تالار وحدت تهران انجام خواهد شد.